Märts 1865. USA-s kodusõja ajal põgenesid viis julget põhjamaalast Richmondi juurest, mille lõunamaalased hõivasid õhupalliga. Kohutav torm viskab neist neli lõunapoolkera asustamata saare kaldale. Viies mees ja tema koer peidavad end ranniku lähedal meres. See viies - teatud Cyres Smith, andekas insener ja teadlane, rändurite üksinduse juht ja juht - hoiab tahtmatult mitu päeva pingelistes kaaslastes, kes ei leia kuskilt ei teda ega koera, kellele Top pühendunud oleks. Endine ori kannatab kõige rohkem ja Smithi nüüdseks truu teenija on neeger nab. Õhupallis olid ka sõjaajakirjanik ja Smithi sõber Gideon Spilet, väga energiline ja otsustav, lohiseva meelega mees; meremees Pencrof, heasüdamlik ja seiklushimuline julgus; Orvuks jäi viisteist-aastane Harbert Brown, laeva kapteni poeg, millel Pencrof purjetas, ja keda meremees kohtleb kui omaenda poega. Pärast väsitavat otsingut leiab Nab lõpuks oma seletamatult päästetud peremehe, miili rannikust. Igal saarel asuvast uuest asunikust on asendamatud anded ning Cyres ja Spilet juhtimisel kogunevad need vaprad inimesed ja saavad ühtseks meeskonnaks. Esiteks varustavad asunikud oma elu kõige lihtsamate vahenditega, seejärel üha suuremate ja keerukamate töö- ja majapidamistarvete tootmisega oma väikestes tehastes. Nad jahivad, koguvad söödavaid taimi, austreid ja siis aretavad isegi koduloomi ja tegelevad põllumajandusega. Nad korraldavad endale eluaseme kaljus, veest vabastatud koopas. Peagi ei tea kolonistid tänu oma raskele tööle ja intelligentsusele enam vajadust toidu, riiete, soojuse ja mugavuse järele. Neil on kõike, välja arvatud kodumaa uudised, mille saatus on nende pärast väga mures.
Kord Graniitpaleeks nimetatud eluruumi naastes näevad nad, et ahvid on seal bossid. Mõne aja pärast, justkui hullumeelse hirmu mõjul, hakkavad ahvid akendest välja hüppama ja kellegi käsi viskab köiteredeli, mille ahvid majja tõstsid. Seest leiavad inimesed veel ühe ahvi - orangutani, mida nad hoiavad ja nimetavad onu Jupeks. Edaspidi saab Jupe inimestest sõbraks, teenijaks ja asendamatuks abistajaks.
Teisel päeval leiavad asunikud liivast kasti tööriistade, tulirelvade, mitmesuguste tarvikute, riiete, köögiriistade ja ingliskeelsete raamatutega. Asunikud imestavad, kust see kast pärit võib olla. Kaardilt, mis samuti kasti ilmus, leiavad nad, et nende saare kõrval, mida kaardil pole märgitud, on Tabori saar. Meremees Pencrof soovib tema juurde innukalt minna. Sõprade abiga ehitab ta boti. Kui robot on valmis, lähevad nad kõik koos saarele proovimiseks. Selle käigus leiavad nad pudeli koos märkusega, et laevahukkunud mees ootab päästmist Tabori saarel. See sündmus tugevdab Pencroffi enesekindlust naabersaare külastamisel. Purjetavad Pencrof, ajakirjanik Gideon Spilet ja Harbert. Taborisse jõudes avastavad nad väikese raba, kus kõigi nähtude järgi pole keegi pikka aega elanud. Nad hajuvad saarel laiali, lootmata elusat inimest näha ja proovivad leida vähemalt tema säilmeid. Järsku kuulevad nad Harberti karjumist ja tormavad talle appi. Nad näevad, kuidas Harbert võitleb mingi ahvi kasvatatud olendiga. Ahv osutub aga metsaliseks. Reisijad seovad teda ja veavad saarele. Nad annavad talle Graniidi palees eraldi toa. Tänu nende tähelepanule ja muredele muutub metslane peagi tsiviliseeritud meheks ja räägib neile oma loo. Selgub, et ta nimi on Ayrton, ta on endine kurjategija, ta tahtis purjelaeva Duncan enda valdusesse võtta ja samade ühiskonna kraavide abil muutis ta piraadilaevaks. Tema plaanid ei olnud siiski määratud teoks saama ja kaksteist aastat tagasi jäeti ta karistuseks Tabori asustamata saarele, et ta saaks oma teost aru ja pattude eest lepitaks. "Duncani" omanik Eduard Glenarvan ütles aga, et kunagi naaseb ta Ayrtoni juurde. Asunikud näevad, et Ayrton kahetseb siiralt oma mineviku pattudest ja ta püüab neile igati kasulik olla. Seetõttu ei kipu nad teda varasemate üleastumiste eest kohut mõistma ega aktsepteeri teda oma ühiskonnas meeleldi. Ayrton vajab aga aega ja seetõttu küsib ta võimalust elada korallis, mille asunikud ehitasid oma koduloomadele Graniitpalee juurest mõne kauguse kaugusel.
Kui bot öösel Tabori saarelt tormi juurde tagasi jõudis, päästis ta lõke, mis nende arvates hõljus nende arvates nende sõprade poolt. Siiski selgub, et nad polnud sellega seotud. Samuti selgub, et Ayrton ei visanud merre pudeli nooti. Asunikud ei suuda neid salapäraseid sündmusi selgitada. Nad kalduvad üha enam mõttele, et peale nende, Lincolni saarel, kui nad teda ristisid, on keegi teine, nende salapärane heategija, kes tuleb tihti abi ka kõige raskemates olukordades. Nad alustavad isegi otsingute ekspeditsiooni, lootes tema elukoha leidmiseks. Otsimine lõpeb siiski tulemusteta.
Järgmisel suvel (alates ajast, kui Ayrton nende saarele ilmus ja enne kui ta neile oma loo rääkis, on viis kuud juba möödas ja suvi on läbi ning külmal aastaajal on ohtlik purjetada), otsustavad nad naasta Tabori saared, et jätta onn märkmesse. Märkuses kavatsevad nad kapten Glenarvani hoiatada, kui ta naaseb, et Ayrton ja veel viis lennuõnnetuse ohvrit ootavad naabersaarel abi.
Asunikud elavad oma saarel juba kolm aastat. Nende elu ja majandus jõudsid õitsengusse. Nad koristavad juba kolm aastat tagasi Harberti taskust levinud üheviljaviljadest kasvatatud rikkalikke nisukultuure, ehitasid veski, kasvatasid kodulinde, varustasid oma eluruumi täielikult, tegid muuflonvillast endale uued soojad riided ja tekid. Nende rahulikku elu varjutab aga üks juhtum, mis ähvardab neid surmaga. Kord näevad nad merd vaadates kaugelt hästi varustatud laeva, kuid laeva kohal lehvis must lipp. Laev ankrus ranniku lähedal. See näitab ilusaid pikamaarelvi. Ayrton hiilib laevaga öösel varjupaika, et luuretegevusi läbi viia. Selgub, et laeval on viiskümmend piraati. Imekombel neist libisedes naaseb Ayrton kaldale ja teatab oma sõpradele, et neil on vaja lahinguks valmistuda. Järgmisel hommikul laskuvad laevalt kaks paati. Esimesel tulistavad asunikud kolm ja ta naaseb, teine maandub randa ja kuus allesjäänud piraati peidavad teda metsas. Kahurid on laevast kõrbenud ja see tuleb kaldale veelgi lähemale. Näib, et ühelgi pole jõudu käputäie asunike päästmiseks. Järsku hüppab laeva alla tohutu laine ja see vajub ära. Kõik sellel olevad piraadid surevad. Nagu hiljem selgub, plahvatas laev miini ja see sündmus veenab saare elanikke lõpuks, et nad pole siin üksi.
Alguses ei kavatse nad piraate hävitada, soovides anda neile võimaluse elada rahulikku elu. Kuid tuleb välja, et röövlid pole selleks võimelised. Nad hakkavad röövima ja põletama asunike majapidamisi. Ayrton läheb korallile loomi külastama. Piraadid haaravad ta ja viivad ta koopasse, kus nad tahavad teda piinata, nõustudes minema piinamisega nende poole. Ayrton ei anna alla. Tema sõbrad lähevad talle appi, kuid saavad Harberti korallis raskelt vigastada ja sõbrad jäävad temasse, kes ei saa surnud noormehega tagasi minna. Mõne päeva pärast lahkuvad nad endiselt Graniitpalee juurde. Ülemineku tagajärjel algab Harbertil pahaloomuline palavik, ta on surmas. Veelkord sekkub nende ellu providents ja hea salapärase sõbra käsi viskab neile vajalikku ravimit. Harbert taastub täielikult. Asunikud kavatsevad anda piraatidele viimase löögi. Nad lähevad korallile, kus nad kavatsevad neid leida, kuid leiavad kurnatud ja vaevu elus Ayrtoni ning läheduses asuvad röövlite surnukehad. Ayrton teatab, et ta ei tea, kuidas ta sattus koralli, kes ta koopast tõi ja piraadid tappis. Siiski teatab ta ühest kurvast uudisest. Nädal tagasi läksid bandiidid merre, kuid teadmata, kuidas robotit kontrollida, lõhkusid selle rannikuäärsetel riffidel. Reis Taborisse tuleb edasi lükata kuni uue sõiduki ehitamiseni. Järgneva seitsme kuu jooksul ei tee salapärane võõras end tunda. Vahepeal ärkab saarel vulkaan, mis kolonistide arvates oli juba surnud. Nad ehitavad uue suure laeva, mis vajadusel saaks nad toimetada asustatud maale.
Ühel õhtul, juba magamaminekuks valmistudes, kuulevad Graniitpalee elanikud kellukest. Telegraaf, mille nad veetsid korallist koju, töötab. Neid kutsutakse kiiresti korallisse. Seal leiavad nad märkme, milles palutakse neil minna mööda lisajuhet. Kaabel viib nad tohutu barjääri, kus hämmastunult näevad nad allveelaeva. Selles kohtuvad nad oma isanda ja patrooni, kapten Nemo, India vürsti Dakkariga, kes on kogu oma elu võidelnud kodumaa iseseisvuse eest. Tema, juba kuuekümne aastane mees, kes mattis kõik oma kaaslased, on surma lähedal. Nemo annab uutele sõpradele kalliskividega puusärgi ja hoiatab, et kui vulkaan purskab, plahvatab saar (selline on selle struktuur). Ta sureb, asunikud keeravad paadi luugid üles ja langetavad selle vee alla ning nad ehitavad uut laeva väsimatult terve päeva. Kuid neil pole aega seda lõpetada. Kogu elu hukkub saare plahvatuse ajal, millest jääb vaid väike ookeani riff. Asunikud, kes veetsid öö kaldal telgis, heidetakse õhulaine abil merre. Kõik nad, välja arvatud Jupe, jäävad ellu. Juba enam kui kümme päeva on nad istunud rifil, surnud peaaegu nälga ega lootnud enam millelegi. Järsku näevad nad laeva. See on Duncan. Ta päästab kõik. Nagu hiljem selgub, hõljus kapten Nemo, kui robot oli veel puutumata, selle peal Tabori poole ja jättis päästjatele märkuse.
Naastes Ameerikasse kapten Nemo annetatud ehete pärast, ostavad sõbrad suure maatüki ja elavad sellel samal viisil, nagu nad elasid Lincolni saarel.
