Romaan koosneb viiest osast - igaüks neist räägib ühest Issanda hukkamisest, mis langes maa peale, nagu prohvet Hesekiel ennustas.
Esimene osa - “Kadunud venna sündmuskoht” - räägib teisest hukkamisest - näljast. Stseen on kollektiviseerimise ajal näljane Ukraina; 1933. Maapiirkonna teehoones üritab kerjustüdruk Maria kerjata midagi Kristuse huvides, kuid keegi ei anna seda - välja arvatud juudi poiss, kes jagab temaga roojast paguluse leiba. Külaelanikud on võõra teo pärast nördinud; võetakse tüdruku leib. Poiss, kes leiba andis, on Dan, Aspid, Antikristus, Messia Kristuse vend. Prohvetite ilmutuste kaudu suhtleb ta Issandaga, kes saatis ta maa peale, Venemaale, kuna see rahvas valetas Issandale, hülgas teda - ja asendas seeläbi puust ikke raudse ikkega.
Tüdruk Maria koos noorema venna Vasyaga naasevad oma nälga külla. Ema otsustab pere lahutada - visata üks lastest võõras, lihtsalt jäta keegi; ta lahkub teise linna tööle. Enne lahkumist viib ta Maarja ja Vasja linna; näljasele lapsele teenib võõras inimene jälle leiba, kuid ema viskab välja tüki “mitte meie, mitte õigeusklik”. Hiljem küsivad lapsed linnas taas Antikristuselt almuseid, kuid seekord peatab nad politseiniku - kerjamine on keelatud.
Ema hüljatud, lapsed satuvad vastuvõtjasse. Neile antakse juhend, et nad saaksid nende abiga koju tagasi pöörduda. Teel vägistab dirigent Maarja ja põgeneb. Lapsed lähevad jälle varjupaika; öösel räägib valvur neile juutide piinatud jutu Jeesuse Kristuse "Jumala lapsest". Maarja viiakse linnast ära. Tüdruk jookseb minema; Kord üksi lumises põllul kõnnib ta sellest läbi, nuttes Jumala nutuga, millest süda on valgustunud. Maria otsib oma vanemat õde Kseniat, ta on oma majas elanud umbes aasta. Kui temast saab perekonna stseenide tarbetu tunnistaja (õde petab oma meest ja armukest), saadetakse ta tagasi külla. Ka seal pole keegi õnnelik; nuttes ebaõiglusest, eksleb Maarja jälle põllu peal; seal kohtub ta antikristuse Daniga. Küsimusele pisarate põhjuse kohta vastab neiu: "kuna juudi juudid tapsid Jumala poja ja ta on nüüd taevas ning mu vend Vasya, maa peal, Izumi linnas." Nii sai Jesaja ennustus tõeks: "Mulle tehti ilmutus neile, kes minult ei küsinud, need, kes leidsid mind, ei otsinud mind."
Mary läheb Kerchi juurde, ema juurde. Mõne aja pärast sureb ema, Maryst saab sadamaprostituut. Kui näljane, kohtub naine taas Daniga, ta annab talle roojase leiva. Maarja maksab talle oma armastusega. Antikristus läheb kaugemale; maa ja inimesed Issandale valetamise eest on määratud teiseks karistuseks - mõõgaks. Prostitutsioonis ja vagatsuses süüdi mõistetud Mary sünnitab Danist vanglas poja Vasya. 1936. aastal ta sureb.
Teine osa algab aruteluga Issanda jäljendamise kohta - vaistlikult või mõistuse kaudu. Autor kaitseb ideed, et juudid pole paremad ega halvemad inimesed; kuid see rahvas on tähelepanuväärne oma prohvetite poolest, kes teadsid, kuidas Issandat kuulata. Jaos “Pahede pahede õelus” öeldakse tüdrukule Annushka. Ta elab Rževis koos oma ema ja kahe vennaga; üks neist sureb oma õe süül. Kord tulevad vargad Annushka; uurimise käigus osutab tüdruk süütule mehele - ta saadetakse vanglasse. Emadele antakse uus korter. Kord Dan, Antikristus tuleb Annushka. Uurides seintel olevaid seinamaalinguid (Annushka elab endises kirikus - seinale asetatud tapeedi tõttu paistab Kristuse nägu), mõtiskleb ta tõsiasja üle, et kirikumehed asendasid Kristuse ebajumalaga, mille on kustutanud Aleksandria munk; nüüd, 1941. aasta kevadel, asendas selle munga omakorda "assüüria supelranda saatja" - Stalin. Rževi onnide kohal on Antikristusel nägemine mõõgast - tõesed on Issanda sõnad: "Häda vere linnale ja ma panen välja suure tule". Sõda algab. Annushka ema on suremas; tüdruk läheb lastekodusse. Annushka, kellel õnnestus okupatsiooni ajal sakslastega suhelda, õppis juute vihkama. Lastekodutüdruk Shulamith ärritab teda. Kadestades asjaolu, et evakueerimise ajal jõudis juut hea lapsendaja juurde, teatab Annushka sakslastele, et Sulamith ei ole venelane. Juut tapetakse, Annushka saadetakse Saksamaale tööle. Enne lahkumist tuleb Dan rongi ja palub tüdrukul lugeda Saksamaal valjusti paberilehte, mille ta talle annab. Antikristus peab sakslasi needma, sest Issand neelas kunagi Babüloonia Jeremija kaudu. Prohvet ise ei saa õelale maale siseneda.
Üks naine, kes varastati koos Annushkaga, palub Danil võtta oma laps, tüdruk Pelageya. Juuti märganud sakslased üritavad teda tappa, kuid Antikristuse tapmine on võimatu.
Annushka täidab Dani ülesande - kuri Saksamaa, kes vihkab Jumalat ja tema armastatud inimesi, on neetud. Annushka ise sureb varsti palavikku.
Kolmandast hukkamisest - ihast jutustav filmi “Abielurikkumise palab” tegevus toimub 1948. aastal. Kolosovi pere elab Borgi linnas Borgas - rindesõdur Andrei, tema naine Vera ja kaks tütart, Tasya ja Ustya. Läheduses elab imelik juudi perekond - Dan Yakovlevitš ja tema tütar Rufina, kes on juudist täiesti erinevad. Vera Koposova, kelle suhted abikaasaga on väga keerulised (ta usub, et tema naine oli sõja ajal talle truudusetu), olles Daniga kohtunud, armub temasse. Mõistes, et ta ei saa juuti võrgutada, toob ta tütre Tasya endaga kaasa. Samuti armus ta Danasse, nad kohtuvad. Nende kuupäevade kohta saab isa teada. Koos pettur Pavloviga üritavad nad Antikristit tappa, kuid see pole võimalik. Usk tuleb Danile ja pakub talle eestpalvet vastutasuks temaga magamise eest. Antikristus, armastav tütar, on sunnitud emaga abielurikkumist toime panema. Rufina osutus kogemata nende kohtumise tunnistajaks ning Tasia näeb kõike ja räägib ema patust isale. Esmalt proovib ta tappa oma naise, siis sureb sel päeval lein. Vahepeal põgeneb Rufina metsa; seal vägistas ta peaaegu laskmise antisemiit Pavlov; Tüdrukut päästab ainult kahe nirise ilmumine. Pärast kogemust mõistab Ruth, et on prohvetlanna, ja lepib oma isaga patust puhastatud needusega.
Neljas osa, mille aluseks on “Vaimuhaiguse materjal”, räägib juutide tagakiusamisest 1950ndate alguses. Tähendamissõnale eelneb sissejuhatus - autori mõtisklus vene antisemitismist. Selle vaimse haiguse eest saadab Jumal neljanda karistuse - haigus, katk.
Kaks last, Nina ja Misha, Vitebskist, tulevad Moskvasse Ivolgini perre, kuhu kuuluvad juudi kunstikriitik, tema venelanna Claudius ja nende poeg Savely. Nad on Claudiuse vennapojad; nende vanemad arreteeriti Valgevene natsionalismi süüdistuses. Orioolid, inimesed, kes kardavad kõike ja varjavad oma juutlikkust igati, hülgavad oma lapsed. Ivolgini perekonda jälgivad vaikivalt kaks nende korterinaabrit - juudi koristaja Dan Yakovlevitš ja tema tütar. Sel ajal toimub juutide kosmopoliitikute massiline ilmutamine. Ka argpüks Ivolgin, kes üritas kaitsta oma vahistamist oma rahva tagakiusamises osalemise kaudu, arreteeriti peagi. Esimesel ülekuulamisel tapab uurija ta.
Pärast 1953. aastat on lesel Claudial uus austaja - Ilovaisky vanamees, mõistlik antisemiit. Ta on Daniga pikka aega arutanud vene kristluse üle. Näiteks murrab vanamees tassi: tervikuna on see lihtne; katki, muutub keeruliseks. Antikristuse Dan leiab, et Ilovaisky üle pole võimalik vaielda - kristlus on kreeka ja keskaja tõlgenduses liiga moonutatud. Johannese ja Ilovayski evangeeliumis öeldud sõna tegelikult ainult halvendab tähendust.
Viienda osa eessõna - „Katkenud paju materjal” - on autori diskursus judaismi ja kristluse suhetest. Viienda osa kangelasteks on Antikristuse lapsed erinevatest emadest: Vera poeg Andrei Koposov, Maarja poeg Vassili Korobkov ja prohvetlanna Pelageya-Ruth, Dani adopteeritud tütar. Vassili, Andrei ja Savely Ivolgin õpivad kirjandusinstituudis. Andrew ise tuleb piibli juurde, mõistes selle tähendust - kristlase vastandit. Kunagi ammugi lähenevad noored Tretjakovi galeriis moeetendusele; Pelagia tunnistab sõjakas antisemiit Vassili oma isa poega. Ta kirub "juute" ja teeb skandaali. Olles veendunud oma sarnasuses oma isa, "juudiga", riputab Vassili end üles.
Andrei külastab tema ema Vera Koposova. Ta ütleb talle, et ta on Dani poeg. Andrei, “hea seeme”, kohtub oma isaga; kokkutulnud perekond tähistab vaikselt juudi usupüha.
Vajutades kustutamata himude poole hulluks, loob Saveliy alkeemilisse kolbi kaks “filosoofilist meest”. Nendega vesteldes õpib ta vastused kõige olulisematele küsimustele - teedest Jumala juurde, tõe, hea ja kurja kohta, jumalasse usu ratsionaalse õigustamise kohta. Ta langeb lõpuks hullumeelsusesse ja ta toimetati vaimuhaiglasse.
Neitsi elav Pelagia tunneb, et on kätte jõudnud aeg naiseks saada. Lotte tütarde eeskujul võrgutab ta oma isa Antikristuse. Ta, tundes, et Issanda plaan on täide viidud, vägistab teda joobes olles. Prohvetik Pelagia eostab poja Antikristusest. Kes maa peal on teinud kõik, mis tema jaoks on ette nähtud, sureb. Enne surma juhendab ta oma poega Andrei, kes läheb Jumala juurde kõige raskemal viisil - mõistuse kaudu, läbi kahtluse.
Pelagia ja antikristuse poeg, samuti Dan, kuulavad, kui ema loeb talle prohvet Deuteronoomia kõnesid juba ammu enne seda, kui Kristus sama ideed avaldas.
Andrei, Pelagia koos oma pojaga ja Saveliy, paranenud, lähevad linnast välja metsa. Vaadates karmi talveloodust, mõistavad nad Kristuse ja Antikristuse antagonismi olemust: esimene - patuste ja tagakiusajate kaitsja, teine - kaitseb tagakiusamise ohvreid. Läheneb tagakiusamine, viies halvim hukkamine - janu Issanda sõna järgi, millest Kristus ei päästa.