Tegevus toimub Moskvas 1584. aastal ja algab tüli Boyarsky duumas: Tsarina Maria Fedorovna vend Mihhail Nagoy arutab kohta Saltykoviga ja tõmbab ülejäänud bojarid swarasse. Esimese tsaari naise vend Zakharyin-Yuriev katkestab arutelu, rääkides nende juhtumi kogumise olulisusest: Johannes, keda piina mõrvas pärast poja mõrva, otsustas võtta kloostri auastme ja käskis duumas valida järeltulija. Samal ajal "vaenlased võitlevad Venemaaga igast küljest", selles on katk ja nälg. Vürst Mstislavsky räägib oma otsuses kuninga sitkusest. Nagoya pakub noorele Dmitri Tsarevitšile kuningannat ja vajadusel “valitsejat”, kelleks ta on valmis olema; Sitsky - Zakharyin, kes pole end millegagi värvinud. Zakharyin räägib Ivan Petrovitš Shuisky eest, kes istub nüüd piiratud Pihkvas.
Kuningat on aga vaja kohe. Zakharyin küsib nõu Godunovi käest, kes ei fikseerunud kohtades ja kes istus tagasihoidlikult allpool. Ta, kirjeldanud üksikasjalikult riigi kadestusväärsemat positsiooni, räägib sellisel ajal kuninga vahetamise võimatusest ja kutsub bojareid üles paluma Johannesel troonile jääda. Tsaari julmusi meenutades üritab Sitsky asjatult bojareid peatada. Nad lähevad tsaari juurde ja otsustavad tee ääres, kes räägivad, ning kartvad suveräänset viha. Godunov võtab riski. Juba mustasse kasukasse riietatud John, pärast Monomakhi mütsi eemaldamist, ootab bojarite otsust magamistoas ja kahetseb viimase kurikaela meenutamist. Pihkvast saabub sõnumitooja, kellele tsaar viitab algul “uuele isandale”, kuid siis, kuuldes uudise rõõmu, kuuleb ta lugu kallaletungide peegeldusest ja Baturi taganemisest Pihkvast. Ta saab Kurbskylt kirja, milles ta noomib tsaari ebamugava silbiga, ähvardab Pihkva kiire hõivamisega, paljud Johannese julmused nimetavad tema praeguste lüüasaamiste põhjuseks ja tuletavad kohutavalt meelde tema eemaldamist ettevõtlusest. John langeb raevu, sest kuna ta on hävitanud kõik Kurbsky sugulased, on ta võimetu võtma kellegi peale armu. Tulevad bojarid, keda kuningas kohtub suure ärritusega. Kuulanud Godunovi lühikest kõnet, paneb ta Monomakhovi mütsi ette, noomides bojareid, kes teda selleks sundisid, ja suudleb Godunovi, kes tegi julgeid ja ebakindlaid kõnesid “riigi hüvanguks”. Sitsky puudumine ei jää märkamata ja tsaar, kes ei soovi ülekuulajaid kuulata, tellib hukkamise.
Tsaari kambrites ootavad Godunov ja Zakharyin Johni ning Godunov ütleb, et kuningas, kes soovib kuningannast lahutada, peab Inglise kuninganna vennatütart. Nördinud Zakharyin küsib, kuidas Godunov üritas Johni vallandada, ja saab vastuse, et ta saab Johni mõjutada ainult ümarlaua kaudu. John tuleb kohale ja teatab Pihkva lähedal asuvates Poola vägedes toimunud mässudest ning Varssavi suursaadiku ootusest, kes saadeti tema arvates rahu paluma. Ta käsib Zakharyinil inimesi sellest sõnumist teavitada. Ta käskis Godunovil arutada Inglise suursaadikuga eelseisva abielu tingimusi. Ta üritab kuninganna eest sekkuda ja saab vihase noomituse täis ähvardusi. Jättes üksi, süüdistab Godunov end üles näidatud lahkuse pärast ja keeldub eelistamast südametunnistust eesmärgi hüvanguks. Vassili Ivanovitš Šuiskõ majas kavatsevad bojarid Mstislavsky, Belsky ja vennad Nagoy hävitada Godunovi. Nad otsustavad, kasutades ära inimeste ärritust, süüdistada kõiki hädasid Godunovis ja Shuisky pakub Mihhail Bityagovskyle plaani täita. Ta kohustub inimesi mässama ja õhutama teda tapma. Belsky teeb ettepaneku saata sama eest Prokofy Kikin. Godunov tuleb. Külalised kiirustavad laiali. Godunov heidab Shuiskyle ette, et duumas teda ei armastata, Shuisky tagab talle oma tahte ja toetuse ning lahkumise, mille ta tsaarile ootamatult kutsus. Bityagovskiga üksi jäänud Godunov avastab oma kavatsustega täiusliku tutvumise ja ähvardades teda enneolematute hukkamistega, saadab ta samadele väljakutele rahva veenmiseks Shuisky ja Belsky vastu, kes tahavad kuningat mürgiga mürgitada.
Vahepeal ei telli tsaaririik tsarevitši emalt kedagi teist tema juurde tulema ja eriti Godunovi usaldab ta ainult Nikita Romanovitš Zakharyinit. Zakharyin tuleb. Kuninganna räägib talle palees levinud kuulujuttudest ja küsib, kas tema kahtlus ei vasta tõele, et kuningas tahab ta Demetriuse juurde jätta. Zakharyin palub, et ta oleks kõigeks valmis, tsaar mitte vaidlema ja Godunovi usaldama. John tuleb koos Godunoviga ja ootab kuninganna riietumist, kuulab Inglise suursaadiku tingimusi ja küsib Garaburdi järel saabunud poolakate kohta, mõtiskleb, millistele maadele Poola lubab rahu anda, ega taha kuulata hirme selle saatkonna eesmärgi pärast. Sisenenud kuninganna teatab eelseisvast lahutusest. toniseerituna lubab Dimitri UGLICHi pärimise ja ähvardab pärast Zakharyini ülekuulamist kuulda teda hukkamisega. Troonikambris võtab John vastu Poola suursaadiku Garaburdas. Baturi nõudmised on nii alandavad (viia Smolenski, Polotski, Novgorodi ja Pihkva Liivimaa rügemendist välja ja anda Poola Poola), et üldise nurisemisega langeb tsaar raevukusele ja, kuuldes Poola kuninga kutset võitluskunstidele, kavatseb oma suursaadiku jahti koertega ja viskab teda kirves. Garaburda märgib, et John ei tea uudiseid Vene rügementide purustamisest piiril, Narovad võtvad rootslased ja nende ühiskampaania koos Baturiga Novgorodis ning lahkudes, kui Johannes on kohtunud Moskva kuningaga, lahkuvad nad. Sisse pääsenud Godunov kinnitab kõiki Garaburda sõnumeid, kuid tsaar käsib riputada valekirjutajad üles ja teenida võidukaid palveid kõigis kirikutes.
Zamoskvorechye platsil muretseb rahvamass laohoone ees, on nördinud leivahinna pärast, kohtutäiturid võtavad altkäemaksu ja asjaolu, et kuningas ei täida õigusrikkujaid. Kikin ilmub võõrana riietatuna süüdistades Godunovit ja viitab Jumala märgile "verine sabaga täht". Ta ütleb, et nägi Kiievis imet: Sophia rist põles ja hääl, mis kutsus üles Godunovit tõusma. Kuuletakse hääli Godunovi kaitsmisel, hääli, mis kutsuvad kaitsjaid peksma, ja lõpuks: Bityagovsky hääl, kes on kaptanis lahti ja kustutatud laul huultel. Ta räägib, et Shuisky ja Belsky kavatsesid kuningat mürgitada, kuid Godunov viskas mürgitatud koogi koerale. Kui Bityagovsky on imet näinud ränduri üle hämmeldunud, kutsub ta teda nimepidi ja ütleb, et ta saadeti tahtlikult. Ilmub kohale Grigori Godunov, kes teatab, et Boriss Godunov ostab kõik varud oma riigikassa arvelt ja jagab need homme sularahata. Rahvas tormab Kikini juurde. Kuninglikes kambrites vaatavad kuninganna, Godunovi õde Irina ja tema naine Maria komeeti. Kuningas vaatab teda verandalt. Targad ja võlurid toodi lahti komeedi jaoks. John ilmub kohale ja teatab, et sai märgist aru: komeet teatab oma surmast. Ta palub kuningannalt andestust ja, soovides täpselt teada surma aega, et mitte surra ilma meeleparanduseta, kutsub magi. Nad kutsuvad Kirillini päeva. Tsaar Godunovi palvel loeb ta sinodikat, kus on loetletud tema ohvrid, John täiendab seda nimekirja. Slobodast saabub lihunik teatega, et talvepäeval põles palee pikselöögi tagajärjel. Raputatud John palub kõigilt andestust, palvetab kirglikult ja küsib Fedorilt, kuidas ta kavatseb valitseda, kuid Fedor palub panna keegi teine kuningriiki. Nad toovad kaks kirja: khaani lähenemise kohta Moskvasse ja ülestõusu Kaasani ümber. Nad toovad sisse schemniku, kes on kolmkümmend aastat elanud eraldatuses. Temaga üksi jäänud John räägib Venemaad tabanud hädadest ja küsib nõu. Skeem kutsub palju inimesi, kes suudavad vaenlasele vastu pidada - kuningas hävitab nad kõik. Ta räägib printsist, kuid prints on surnud. Pärast skeemi juhtimist sunnib John Mstislavsky, Belsky, Zakharyini ja Godunovi bojareid risti suudlema, et nad teeniksid Fedorit, ja viies nimetab Ivan Petrovitš Šuiskõi, kui ta Pihkva lähedal ellu jääb. Ta saadab Leedusse suursaadikud, et sõlmida rahu Baturiga kõige alandavamatel tingimustel, uskudes, et pärast tema surma nõuab Batur veelgi rohkem, ning soovib oma ennekuulmatu alandusega pattude eest lepitust saada.
Cyrilis on kuningapäev parem. Godunov helistab salaja nõidadele ja nad ütlevad, et päev pole veel käes. Godunovi ennustatakse keiserliku trooni poolt, mälestatakse teda kolme tähe suurusest eraldavat tähte ja tema peamist salapärast vastast ("nõrk, kuid võimas - süütu, kuid süüdi - mitte ise", "tapetud, kuid elus"). Dr Jacobi saabub ja vastab Godunovile, et tsaari tuleb kaitsta ärrituse eest ja selle jaoks kutsus Belsky puhveteid. Godunov võtab Bityagovsky vastu ja saab teada, et rahvas on Shuisky ja Belsky vastu rabelenud. Vahepeal uurib John aardeid, otsides kingitusi Inglise kuningannale ja pruudile, kuninga lähedal ketrab spiraal, naaberkambrites olevad buffonid ootavad märki. Järgmisel päeval määrab tsaar maagide hukkamise ja saadab Borisi neile teatama. Ta on võidukas, kuid kahtlane ja altid ärritusele; Pärast Belskyga malet mängides langeb kuningas. Godunov naaseb ja, viies kuninga meeletu meeletu vaikuseni, teatab maagide vastusest, et nende teadus on usaldusväärne ja Kirillin pole veel päevagi möödas. John nimetab vihas Godunovi reeturiks, süüdistab teda elukatses, kutsub hukkajad ja kukub. Üldine segadus. Kuningas kutsub ülestunnistajat, bojareid - arste, ajavad ekslikult pühvleid. John on suremas. Väljaku inimesed karjuvad, et Shuisky ja Belsky ahistasid kuningat ning segaduses olev Fedor usaldab Godunovi seletused. Godunov saadab bojaarid pagulusse, Mstislavsky, keda koos Nagy, Bityagovsky süüdistab probleemides, klooster, Nagih - UGLICHis koos Tsaritsa ja Demetriusega. Fedor, nuuksudes, kallistab Godunovi. Väljaku inimesed kiidavad mõlemat.
