Ivan Petrovitš Siskisky majas otsustavad nad paljude vaimulike ja mõne bojari juuresolekul lahutada Fjodor Ioannovitši tsaarina, Godunova õega, tänu kellele Borissit peetakse. Nad moodustavad paberi, kus kuninganna viljatusest ja Demetriuse lapsekingadest meenutades paluvad nad kuningal sõlmida uus abielu. Golovin vihjab Shuiskyle võimalusest panna Demetrius Fedori asemele, kuid saab aga ahtrilise vastuväite. Printsess Mstislavskaja veab külalisi ringi, joob Fedori tervist. Mstislavskaja peigmees Šakovski nimetab mängujuht Volokhov salajase kohtumise kohaks. Ivan Petrovitš saadab metropoliidile petitsiooni, milles ta kahetseb kuninganna hävitamise vajadust. Tema teenindaja Fedõuk Starkov annab teada sellest, mida Godunov on näinud. Saanud Uglichilt teavet Golovini suhete kohta Nagimiga ja nähes ohtu tema võimule, teatab ta oma toetajatele Lup-Kleshninile ja prints Tureninile otsusest leppida kokku Shuiskyga. Saabub Fjodor, kes kaebab koputatud hobuse üle. Ilmub kuninganna Irina, kellele Fedor teatab kirikus nähtud Mstislavskaja ilust, ja kinnitab kohe kuningannale, et ta on tema jaoks ilusam kui kõik teised. Godunov räägib soovist Shuiskyga leppida ja tsaar võtab selle asja meelsasti käsile.

Fedor teatab oma kavatsusest Godunovi Shuiskyga lepitada ja palub abi metropoliit Dionysiuselt ja teistelt vaimulikelt. Dionysius süüdistab Godunovit kiriku rõhumises, ketseritele leebuses ja maksude kogumise jätkamises, millest kirik vabastati. Godunov edastas talle kaitsekirjad ja aruanded ketserluse tagakiusamise kohta. Kuningas palub abi Irinalt ja bojaritelt. Populaarse entusiasmiga kaasas tuleb Ivan Petrovitš Shuisky. Fedor heidab talle ette duumas mitte külastamist, Shuiskyt heidutab Godunovi nõusoleku andmise võimatus. Pühakirja meenutades ja vaimulikke tunnistajateks kutsudes räägib Fjodor leppimise eelistest ning talle kuulekas Godunov pakub Šuiskile nõusoleku. Shuisky heidab talle ette, et ta ei tahtnud jagada riiklikku kontrolli, mille John pärandas viiele bojarile: Zakharyin (surnud), Mstislavsky (sundmõistetud), Belsky (pagendatud), Godunov ja Shuisky. Godunov, õigustades ennast, räägib Shuisky ülbusest, et ta kasutas ainuvõimu Venemaa kasuks, mida ka tõestab; lisab ta, et pettunud riigi korrastamise keeruline ülesanne oli just Shuysky. Ja kui Ivan Petrovitš kutsub oma toetajat metropoliidiks, teatab ta Godunovi tegevusest kiriku kasuks ja veenab Shuiskyt rahu saavutama. Irina, näidates Pihkva pühamu tikitud katet, tunnistab, et see on tema palvevann Shuisky päästmiseks, mille leedulased Pihkvas kunagi piirasid. Põnevil Šuisky on valmis unustama vana vaenu, kuid nõuab Godunovi käest kaaslastelt julgeolekugarantiid. Godunov vannub ja suudleb risti. Nad kutsuvad valitud Shuisky rahvahulgast. Fjodor räägib vanamehega ega tea, kuidas teda peatada, tunnistab oma vennapojas kaupmeest Krasilnikovit, kes teda hiljuti karuvõitlusega lõbustas, meenutab oma venda Golubi, kes alistas Šahhovskit rusikatega - Godunov ja Shuisky ei suutnud kohe tsaari tagasi viia selle juurde, milleks valijad olid kutsutud. . Shuisky teatab leppimisest Godunoviga, kaupmehed on mures (“Teie lepitate meie pead”), Shuiskyt ärritab umbusaldus äsja ristil vannunud isiku vastu. Kaupmehed paluvad kaitset kuninga Godunovi käest, kuid ta saadab nad Borisse. Boris käsib vaikselt kaupmeeste nimed üles kirjutada.

Öösel ootavad Šuyski printsess Mstislavskaja ja Vasilisa Volokhova aias Šakovskit. Ta tuleb, räägib armastusest, kannatamatusest, millega pulmi oodata, naerab teda ja teeb temaga nalja. Krasilnikov tuleb jooksma, laseb sisse, Šakovski peidab end, kutsub Ivan Petrovitši ja teatab, et kõik, kes tsaari juures olid, olid Godunovi korralduse alusel kinni võetud. Šokeeritud Shuisky käsib Moskval tõusta Godunovi juurde. Ta oli vihjanud Dimitri Golovini äkilisele murdmisele ja öelnud, et Boris on end petnud, läks ta tsaari juurde. Ülejäänud bojarid vahepeal arutavad petitsiooni, otsides uut kuningannat. Vassili Shuisky kutsub printsess Mstislavskajat. Tema vend ei otsustanud kohe, soovides leida vähemalt Šakhovskiga tüli põhjuse. Kuigi ta kõhkleb, kirjutab Golovin petitsiooniks printsessi nime. Ilmub Šahhovskaja, kes teatas, et ei loobu pruudist. Leitakse ka printsess ja Volokhova. Üldise hüüdmise, vastastikuste ähvarduste ja etteheidetega haarab Šakovskaja kirja ja jookseb minema. Godunov esitab tsaaririigi paberid, mille sisusse ta ei lähe, kuid nõustub Borise otsustega. Tsarina Irina räägib Dowageri kuninganna Uglichi kirjas palvega naasta koos Dimitriga Moskvasse. Fjodor usaldas juhtumi Borissile, kuid Irina nõudis temalt "perekonnaasja" lahendust; Fedor vaidleb Borisega ja on pahane oma visaduse tõttu. Shuisky tuleb, kurdab Godunovi. Ta ei tee lahti, selgitades, et kaupmehi ei võetud minevikku, vaid selleks, et proovida häirida tema ja Shuisky vahelist maailma. Tsaar on valmis Godunovile andeks andma, uskudes, et nad lihtsalt ei mõistnud üksteist, kuid järeleandmatu nõudmine jätta vürst Uglichisse vihastab tsaar lõpuks. Godunov ütleb, et annab teed Shuiskyle, Fedor palub tal jääda, tsaari käitumisest haavatud Shuisky lahkub. Kleshnin toob Golovin Nagimi Uglichist saadetud kirja, Godunov näitab seda tsaarile, nõudes Shuisky vahi alla võtmist ja võimalusel hukamist. Ebaõnnestumise korral ähvardab ta lahkuda. Pärast pikka kõhklust šokeeritud Fedor keeldub Godunovi teenustest.

Ivan Petrovitš Shuisky lohutab printsess Mstislavskajat: ta ei luba tal tsaariga abielluda ja loodab, et Šahovskaja ei teavita neid. Printsessile saates võtab ta vastu bojarid ja tagaotsitavad Krasilnikovi ja Dove'i ning määratleb igaühe ülesanded, eeldades vaesunud Fjodori eemaldamist ja Demetriuse kinnistamist. Kodus istuv võõrastatud Godunov küsib Kleshninilt Volokhova kohta ja kordab seda mitu korda, "et ta vürsti hooruks". Kleshnin saadab Volokhovi UGLICHi uue ema, käsib teda kaitsta ja vihjab, et kui koorimata kannatanud prints tapab ennast, ei küsi nad temalt. Samal ajal ei saa Fedor talle esitatud dokumente välja mõelda. Kleshnin saabub ja teatab, et Boriss haigestus pettumuses ning Shuisky tuleb kavatsuse tõttu Demetriuse troonile tõstmiseks kohe vangistada. Fedor ei usu. Siseneb Shuisky, kellele Fedor räägib denonsseerimisest ja palub tal end õigustada. Prints keeldub, kuningas nõuab, Kleshnin lükkab. Shuisky tunnistab üles mässu. Fjodor, ehmunult, et Godunov karistab Shuiskyt riigireetmise eest, teatab, et ta ise käskis printsi troonile panna, ja sunnib šokeeritud Shuiskyt toast välja saatma. Šahhovskaja purskab kuningakodadesse ja palub pruudi tema juurde tagastada. Fedor, nähes Ivan Petrovitš Shuisky allkirja, nutab ega kuula Irina väiteid paberi absurdsuse kohta. Kaitstes Irinat solvangute eest, kirjutab ta alla Borisovi korraldusele, hirmutades nii teda kui Šakhovskit. Üle jõe asuval sillal mässib vanamees rahva Shuisky pärast, husaar laulab oma varanduse ümber. Sõnumitooja sõidab uudistega tatarlaste edusammudest. Prints Turenin koos vibulaskjatega viib Shuisky vanglasse. Inimesed, keda vana mees maha ajab, tahavad Shuisky vabastada, kuid ta räägib oma süüst "püha" kuninga ees ja sellest, et nad väärivad karistust.

Kleshnin teatab Godunovile, et šuiiskid ja nende toetajad on vangis, ning tutvustab Vassili Ivanovitš Šuiskyt. Ta pöörab asja nii, nagu oleks ta Godunovi hüvanguks petitsiooni esitanud. Mõistes, et Shuisky on tema käes, laseb Godunov ta minema. Tsaarina Irina tuleb Ivan Petrovitši järele vahele. Mõistes, et Shuisky ei lõpe temaga vaidlemist, on Godunov kindel. Katedraali ees oleval väljakul räägivad kerjused Godunovi suhtes taunitava suurlinna muutumisest Shuisky taga seisnud kaupmeeste hukkamisest. Tsaar Irina viib Mstislavskaja Shuiskyt küsima. Fedor väljub katedraalist, kui ta on tsaar Ivani teeninud. Printsess tormab jalule. Fedor saadab prints Turenini Shuisky jaoks. Kuid Turenin teatas, et Shuisky kägistas end öösel, süüdistab end tähelepanuta jätmises (kuna ta peksis maha Šakovski poolt vanglasse toodud rahvahulga ja peksis maha ainult Šakovski tulistades). Fedor tormab Turenini juurde, süüdistades teda Shuisky tapmises ja ähvardab teda hukkamisega. Sõnumitooja toob Uglichilt kirja printsi surma kohta. Šokeeritud kuningas tahab tõe ise välja selgitada. Seal tuleb teade khaani lähenemisest ja Moskva varasest piiramisest. Godunov pakub saata Kleshnini ja Vassili Shuisky ning Fedor on Godunovi süütuses kindel. Printsess Mstislavskaja sõnul kavatseb ta juukseid lõigata. Fedor kavatseb oma naise soovitusel kogu valitsemiskoorma Borisele üle anda ja meenutades oma kavatsust "kõigega kokku leppida, kõik siluda", leinab ta saatust ja kuninglikku kohust.