Just selle 18. sajandi kirjandusele iseloomuliku žanri valib Goethe oma loominguks, tegevus toimub ühes 18. sajandi lõpus ühes väikeses Saksamaa linnas. Romaan koosneb kahest osast - need on Wertheri enda kirjad ja nende täiendused pealkirja all "Kirjastusest lugejani". Wertheri kirjad on adresseeritud tema sõbrale Wilhelmile, nendes püüab autor mitte ainult kirjeldada elusündmusi, vaid edastada oma tundeid, mida tema ümbritsev maailm esile kutsub.
Werther, vaesest perest pärit noormees, haritud, maalimisele ja luuletamisele kalduv, asub elama väikelinna üksi. Ta naudib loodust, suhtleb tavainimestega, loeb oma armastatud Homerot, joonistab. Noorte linnalähedasel ballil kohtub ta Charlotte S.-ga ja armub temasse ilma mälestuseta. Lotta, see on tüdruku lähedaste sõprade nimi, on vürstiriigi amtmani vanim tütar, kokku on nende peres üheksa last. Nende ema suri ja Charlotte suutis noorusest hoolimata asendada teda oma vendade ja õdedega. Ta pole mitte ainult väliselt atraktiivne, vaid tal on ka sõltumatud otsused. Juba Wertheri Lottega kohtumise esimesel päeval selgub maitsete kokkusattumus, nad mõistavad üksteist kergesti.
Sellest ajast veedab noormees suurema osa ajast iga päev amtmani majas, mis on linnast tunnise jalutuskäigu kaugusel. Koos Lottaga külastab ta haiget pastorit, läheb linna haiget daami hooldama. Iga tema lähedal veedetud minut pakub Wertherile rõõmu. Noormehe armastus on aga kannatanud juba algusest peale kannatada, sest Lottel on kihlatu Albert, kes läks kindla töökoha saamiseks.
Albert saabub ja ehkki ta kohtleb Wertherit soojalt ja delikaatselt oma tunnete ilminguid Lotte suhtes, on armunud noormees tema vastu armukade. Albert on vaoshoitud, mõistlik, ta peab Wertherit silmapaistvaks inimeseks ja andestab talle tema rahutu käitumise. Wertheril on Charlotte'iga kohtingul raske kolmanda isiku juuresolekul, ta langeb ohjeldamatusse lõbutsemisse, siis süngesse meeleolu.
Kord läheb Werther mägedest mööda, et natukenegi segadusse sattuda, ja palub Albertil talle teel püstolid laenutada. Albert nõustub, kuid hoiatab, et neid ei süüdistata. Werther võtab ühe relva ja paneb selle otsaesisele. See kahjutu nali muutub noorte vahel tõsiseks aruteluks mehe, tema kirgede ja meele üle. Werther räägib loo tüdrukust, kes hüljati oma väljavalitu ja tormas jõkke, sest ilma temata on tema jaoks elu kaotanud igasuguse mõtte. Albert peab seda tegu “rumalaks”, ta mõistab hukka inimese, kes kirgedest kandes kaotab mõistmisvõime. Werther, vastupidi, jätab liigse ratsionaalsuse poole.
Sünnipäevaks võtab Werther kingitusena Albertilt kimbu: tal on Lotta kleidilt kummardus, milles ta nägi teda esimest korda. Noormees kannatab, ta saab aru, et tal tuleb ettevõtlusega hakkama saada, lahkuda, kuid ta lükkab alati lahusoleku hetke ära. Lahkumise eelõhtul tuleb ta Lotte juurde. Nad lähevad oma lemmik lehtlasse aias. Werther ei ütle eelseisva lahusoleku kohta midagi, kuid tüdruk, justkui ennetades teda, alustab vestlust surma ja sellest, mis sellele järgneb. Ta meenutab oma ema, viimaseid minuteid enne lahku minemist. Oma loost põnevil leiab Werther sellegipoolest jõudu Lottest lahkumiseks.
Noormees lahkub teise linna, temast saab käskjala ametnik. Sõnumitooja on valiv, pedantne ja rumal, kuid Werther sõbrustas krahv von K.-ga ja proovib temaga vesteldes oma üksindust heledamaks muuta. Selles linnas, nagu selgub, on kinnisvaraga seotud eelarvamused väga tugevad ja noormehele viidatakse pidevalt oma päritolule.
Werther kohtub tüdrukuga B., kes ebamääraselt sarnaneb võrreldamatu Charlotte'iga. Ta räägib naisega sageli oma varasemast elust, sealhulgas räägib talle Lottest. Ümbritsev ühiskond ärritab Wertherit ja tema suhted käskjalaga halvenevad. Asi lõpeb sellega, et sõnumitooja kaebab teda ministrile, samamoodi nagu delikaatne inimene, kirjutab noormehele kirja, milles ta kuulutab teda liiga tundlikuks ja proovib saata oma ekstravagantsed ideed suunas, kust nad leiavad õige rakenduse.
Werther lepib mõneks ajaks oma positsiooniga, kuid on olemas "ebameeldivus", mis sunnib teda teenistusest ja linnast lahkuma. Ta oli visiidil krahv von K. juures, ta istus, sel ajal hakkasid külalised kogunema. Linnas polnud aga tavaks, et madala klassi mees ilmus üllasse ühiskonda. Werther ei mõistnud toimuvat kohe, pealegi, kui ta oli tuttavat tüdrukut B. näinud, vestles ta temaga ja alles siis, kui kõik hakkasid tema kallal nokitsema ning tema vestluskaaslane ei suutnud vaevalt vestlust pidada, lahkus noormees kiiruga. Järgmisel päeval levisid kuulujutud üle kogu linna, et krahv von K. oli Wertheri oma majast välja löönud. Kuna ta ei tahtnud oodata, millal tal palutakse teenistusest lahkuda, esitab noormees lahkumisavalduse ja lahkub.
Esiteks reisib Werther oma sünnipaikadesse ja laseb end armastest lapsepõlvemälestustest, seejärel võtab ta vastu vürsti kutse ja läheb oma valdustesse, kuid siin tunneb ta end paigast ära. Lõpuks, kes ei suuda enam lahusolekut kanda, naaseb ta linna, kus Charlotte elab. Selle aja jooksul sai temast Alberti naine. Noored on õnnelikud. Wertheri välimus aitab kaasa nende pereelule. Lotte kaastunneb armunud noormehega, kuid ta ei suuda tema piina näha. Werther tormab ringi, ta unistab sageli magama jäämisest ega ärka enam üles või soovib teha pattu ning seejärel selle eest leppida.
Kord linna äärealadel jalutades kohtub Werther hullumeelse Henryga, kogudes kallimale kimp lilli. Hiljem saab ta teada, et Henry oli Lotte isaga kirjatundja, armus neiu ja armastus ajas ta hulluks. Werther leiab, et Lotta kuvand kummitab teda ja tal pole piisavalt kannatusi kannatuste lõpetamiseks. Selle peal katkevad noormehe kirjad ja tema edaspidise saatuse kohta saame teada kirjastajalt.
Armastus Lotte vastu muudab Wertheri teiste suhtes talumatuks. Teisalt tugevneb noore inimese hinges maailmast lahkumise otsus üha enam ja enam, sest ta lihtsalt ei saa armastatut lahkuda. Ühel päeval leiab ta Lotta jõululaupäeval oma perele kingitusi sorteerimas. Ta pöördub tema poole palvega tulla neile järgmine kord mitte varem kui jõululaupäeval. Wertheri jaoks tähendab see seda, et temalt võetakse ära elu viimane rõõm. Sellest hoolimata lahkuvad nad järgmisel päeval ikkagi Charlotte'i, lugesid nad koos väljavõtte Wertheri tõlkest Ossiani lauludest. Ebamääraste tunnete korral kaotab noormees kontrolli enda üle ja läheneb Lottele, milleks naine palub tal naisest lahkuda.
Koju naastes korrastab Werther oma asjad, kirjutab armukesele hüvastijätukirja, saadab teenindaja koos nootiga Albertile püstolid. Täpselt südaööl helises Wertheri toas lask. Hommikul leiab teenindaja veel põrandal hingates noormehe, saabub ravitseja, kuid on juba hilja. Albert ja Lotta on Wertheri surma pärast mures. Nad matavad ta mitte kaugel linnast, kohta, mille ta ise valis.
