Töös - kaks süžeed, millest igaüks areneb iseseisvalt. Esimene tegevus toimub Moskvas mitme mai päeva jooksul (kevadise täiskuu päevadel) 30. aastatel. XX sajandil toimub teine tegevus ka mais, kuid Yershalaimi linnas (Jeruusalemmas) peaaegu kaks tuhat aastat tagasi - uue ajastu alguses. Romaan on üles ehitatud nii, et peamise süžee peatükid on läbi põimitud peatükkidest, mis moodustavad teise süžee, ja need sisestuspeatükid on kas peatükid meistri romaanist või Wolandi sündmuste pealtnägija lugu.
Ühel kuumimatel maikuu päevadel Moskvas ilmub keegi Woland, kes poseerib musta maagia spetsialistina, kuid tegelikult on ta saatan. Teda saadab kummaline retinum: kena nõia-vampiir Gella, nätske tüüp Koroviev, tuntud ka fagotina, sünge ja pahaendeline Azazello ning naljakas rasvane rasvatiim Behemoth, kes enamasti ilmub lugeja ette uskumatu suurusega musta kassi varjus.
Esimestena kohtusid Woland Patriarhi tiikide juures paksu kunstiajakirja Mihhail Aleksandrovich Berlioz toimetaja ja luuletaja Ivan Bezdomnyga, kes kirjutasid usuvastase luuletuse Jeesusest Kristusest. Woland sekkub nende vestlusesse, väites, et Kristus on tõesti olemas. Tõendusmaterjalina selle kohta, et on midagi inimkontrollist väljaspool, ennustab Woland, et Vene komsomoli tüdruk lõikab Berliozil pea maha. Šokeeritud Ivani silmis langeb Berlioz kohe komsomoli tüdruku juhitava trammi alla ja tema pea lõigatakse maha. Ivan üritab edutult Wolandi taga kiusata ning seejärel ilmub Massolitis (Moskva Kirjandusühing) nii segaselt sündmuste jada, et ta toimetatakse professor Stravinsky äärelinna psühhiaatriakliinikusse, kus ta kohtub romaani peategelase - meistriga.
Woland, jõudes Sadovaya tänaval asuva maja 302 bis korteri nr 50 juurde, mille hilis Berlioz hõivas teatri Variete Stepan Likhodejevi juhi juures, ja leides, et viimane on rängas pohmelusseisundis, esitab talle tema Likhodejevi poolt alla kirjutatud lepingu Wolandi teatrietenduse jaoks, ja ajab ta siis korterist minema ja Styopa jõuab seletamatult Jaltasse.
Korteri nr 302 bis juures asuv korteriühistu esimees Nikanor Ivanovitš Bosoy saabub korterisse nr 50 ja leiab Korojevi, kes palub selle korteri Wolandale rentida, kuna Berlioz suri ja Likhodejev oli Jaltas. Pärast palju veenmist nõustub Nikanor Ivanovitš ja saab Korovievilt lisaks lepingus sätestatud lõivule veel 400 rubla, mida ta ventilatsioonis varjab. Samal päeval tulid nad Nikanor Ivanovitši juurde vahistamismäärusega valuuta hoidmiseks, kuna need rublad muutusid dollariteks. Uimastatud Nikanor Ivanovitš langeb samasse professor Stravinsky kliinikusse.
Sel ajal üritavad finantsdirektor Variete Rimsky ja administraator Varenukha telefonitsi kadunud Likhodejevi edutult üles leida ja on hämmingus, saades temalt Jaltaselt telegramme, milles palutakse tal raha saata ja oma isikut kinnitada, kuna hüpnotiseerija Woland hülgas ta Jaltas. Otsustanud, et see on Likhodejevi rumal nali, saadab Rimsky telegramme kogunud Varenukha neid "vajadusel" võtma, kuid Varenukha seda ei tee: Azazello ja kass Behemoth, haarates temast relvade, toimetavad Varenukha korterisse nr 50 ja suudluse alt alasti nõid Gella Varenukha on tunnetest ilma jäetud.
Õhtul algab Variete teatri laval etendus suure mustkunstniku Wolandi osavõtul ja tema retinum. Fagott koos püstolilasuga põhjustab teatris rahavihma ja terve saal püüab langevaid kullatükke. Seejärel avaneb laval “naistepood”, kus iga saalis istuv naine saab pealaest jalatallani tasuta riietuda. Sealt üles rivistatakse järjekord, kuid etenduse lõpuks muutuvad chervonetid paberitükkideks ja kõik, mis "daamide poest" ostetud, kaob jäljetult, sundides kergeusklikke naisi oma aluspesu mööda tänavaid tormama.
Pärast etendust jääb Rimsky oma kabinetti ja tema jaoks muudetakse Gella suudlus vampiiriks Varenukha. Nähes, et ta ei heida varju, on Roman surmavalt hirmul ja üritab ära joosta, kuid vampiir Gella tuleb Varenukhale appi. Cadaveriliste laikudega kaetud käega üritab ta aknakolvi avada ja Varenukha valvab ukse ees. Vahepeal tuleb hommik, kuuleb kuke esimest hüüet ja vampiirid kaovad. Minut kaotamata muutus Rimsky kohe taksos halliks, tormas jaama ja lahkus kiirrongiga Leningradi.
Vahepeal räägib Masteriga kohtunud Ivan Bezdomny talle, kuidas ta kohtus Misha Berliozi tapnud kummalise välismaalasega. Peremees selgitab Ivanile, et kohtus Patriarhidel saatanaga, ja räägib Ivanist enda kohta. Tema armsat kutsuti tema armastatud Margaritaks. Olles koolituse kaudu ajaloolane, töötas ta ühes muuseumis, kui ühtäkki võitis ta ootamatult tohutu summa - sada tuhat rubla. Ta lahkus oma tööst muuseumis, rentis kaks Arbati raja ääres asuva väikese maja keldris kaks tuba ja hakkas Pontius Pilatusest romaani kirjutama. Romantika oli peaaegu lõppenud, kui ta Margaritaga tänaval kogemata kohtus ja armastus tabas neid mõlemaid koheselt. Margarita oli abielus väärilise mehega, elas koos temaga Arbati mõisas, kuid ei armastanud teda. Iga päev tuli ta meistri juurde. Asi lõppes ja nad olid õnnelikud. Lõpuks valmis romaan ja peremees viis selle ajakirja, kuid nad keeldusid seda seal trükkimast. Kuid katkend romaanist trükiti ja peagi ilmusid ajalehtedesse mitmed laastavad artiklid romaani kohta, millele olid alla kirjutanud kriitikud Ariman, Latunsky ja Lavrovich. Ja siis tundis peremees, et jääb haigeks. Ühel õhtul viskas ta romaani ahju, kuid pääsenud, ärevil, haaras Margarita tulelt viimase virna lehti. Ta lahkus, võttes käsikirja endaga abikaasaga hüvasti jätta ja hommikul igaveseks tagasi armukese juurde naastes, kuid veerand tundi pärast lahkumist koputasid nad aknale - rääkisid Ivanile oma loo, selles kohas langetab Meister ta hääle sosistamiseks - ja nüüd mõni kuu hiljem, talveõhtul, kui ta koju tuli, leidis ta, et tema toad on hõivatud, ja läksime uude eeslinnapolikliinikusse, kus ta elab juba neljandat kuud, ilma nime või perekonnanimeta, lihtsalt patsient ruumist 118.
Täna hommikul ärkab Margarita tundega, et midagi hakkab toimuma. Pisarad pühkides läheb ta üle söestunud käsikirja lehtedele, vaatab peremehe fotot ja läheb siis Aleksandri aeda jalutama. Siin istub Azazello tema juurde ja teatab talle, et üks aadlik välismaalane kutsub teda külla. Margarita võtab kutse vastu, sest ta loodab õppida vähemalt midagi Meistri kohta. Sama päeva õhtul koorib Margarita alasti, hõõrub keha kreemiga, mille Azazello talle andis, muutub nähtamatuks ja lendab aknast välja. Kirjaniku majast mööda lennates korraldab Margarita marsruudi Latunsky kriitiku korteris, kes tema arvates peremehe tappis. Seejärel kohtub Margarita Azazelloga ja viib ta korterisse nr 50, kus ta kohtub Wolandi ja tema ülejäänud ajaviitega. Woland palub, et Margarita oleks tema pallil kuninganna. Vastutasuks lubab ta naise soovi täita.
Keskööl algab kevadine täiskuupall - saatani suur ball, kuhu petturid, hukajad, mõrvarid, mõrtsukad - kõigi aegade ja rahvaste kurjategijad; mehed on sabas, naised on alasti. Mitu tundi tervitab alasti Margarita külalisi, paljastades käe ja põlve suudelda. Lõpuks on pall läbi ja Woland küsib Margaritalt, mida ta palgana palli perenaiseks olemise eest soovib. Ja Margarita palub viivitamatult peremees tema juurde tagasi anda. Siis ilmub peremees haigla riietusesse ja Margarita palub pärast temaga kohtumist Wolandil saata nad tagasi Arbatis asuvasse väikesesse majja, kus nad olid õnnelikud.
Vahepeal on Moskva asutus hakanud huvi tundma linnas toimuvate kummaliste sündmuste vastu ja need kõik rivistuvad loogiliselt selgesse tervikusse: salapärane välismaalane Ivan Bezdomny, musta maagia seanss Variety'is, Nikanor Ivanovitši dollarid ning Rimski ja Likhodejevi kadumine. Saab selgeks, et see kõik on sama jõugu töö, mida juhib salapärane mustkunstnik, ja kõik selle jõugu jäljed viivad korterini nr 50.
Pöördume nüüd romaani teise süžee poole. Herodes Suure palees küsib juudi prokuraator Pontius Pilaatus arreteeritud Yeshua Ga-Nozrit, kelle Sanhedrin mõistis keisri võimu solvamiseks, ning see lause saadetakse Pilaatusele kinnitamiseks. Arreteeritute ülekuulamisel mõistab Pilaatus, et tema ees pole mitte röövel, kes õhutas inimesi sõnakuulmatusele, vaid eksitav filosoof, kes kuulutab tõe ja õigluse kuningriiki. Rooma prokurör ei saa aga Caesari vastu toime pandud kuriteos süüdistatavat meest lahti lasta ja kinnitab surmaotsust. Seejärel pöördub ta Juudi Kaifi ülempreestri poole, kes saab eelseisva lihavõttepüha auks vabastada ühe neljast surma mõistetud kurjategijast; Pilaatus palub, et see oleks Ga-Nozri. Kaifa keeldub temast siiski ja vabastab röövli Var-Ravvani. Lysaya Gora ülaosas on kolm risti, millel süüdimõistetud ristatakse. Pärast seda, kui pealtvaatajate hulk, kes rongkäiguga hukkamispaika saatis, naasis linna, Bald mäel jääb sinna vaid endise maksukoguja Jeshua Levi Matvey õpilane. Hukkaja torkab piinatud süüdimõistetud ja mäele langeb järsk vihmasadu.
Prokurör kutsub oma salateenistuse juhi Afraniya ja käsib tappa Kiriathist Juuda, kes sai Sanhedrinilt raha selle eest, et ta lubas tal oma majas Jeshua Ga-Nozri arreteerida. Peagi kohtub Niza-nimeline noor naine juhuslikult linnas Juudaga ja teeb linnast välja kohtumise Getsemane aias, kus teda ründavad tundmatud inimesed, pussitavad teda noaga ja eemaldavad rahakotiga oma rahakoti. Mõne aja pärast teatas Afranius Pilaatusele, et Juudas pussitati ja ülempreestri majja visati kott raha - kolmkümmend tetradrahmi.
Pilaatuseni tuuakse Levi Matvey, kes näitab prokurörile pärgamenti koos Ga-Nozri jutlustega. “Kõige tõsisem pahe on argus,” loeb prokurör.
Aga tagasi Moskvasse. Päikeseloojangul jätsid nad ühe Moskva hoone terrassil hüvasti Wolandi linnaga ja tema retinumiga. Järsku ilmub Levi Matvey, kes pakub Wolandile, et ta võtaks meistri enda juurde ja premeeriks teda rahuga. "Ja miks te ei võta teda oma valgusesse?" - küsib Woland. "Ta ei väärinud valgust, ta vääris rahu," vastab Levi Matvey. Mõne aja pärast tuleb Azazello majja Margarita ja peremehe juurde ning toob pudeli veini - Wolandi kingituse. Pärast veini joomist jäävad peremees ja Margarita ilma tunneteta; samal hetkel algab kurbusemajas valitsev segadus: patsient suri ruumist number 118; ja just sel hetkel Arbatis asuvas häärberis muutub noor naine ootamatult kahvatuks, haarab ta südant ja kukub põrandale.
Maagilised mustad hobused viivad ära Wolandi, tema retinüü, Margarita ja Meistri. "Teie romaani loeti," räägib Woland meistrile, "ja ma tahaksin teile näidata oma kangelast." Umbes kaks tuhat aastat istub ta sellel saidil ja näeb unenäos kuuvalgust teed ning soovib seda mööda minna ja eksleva filosoofiga rääkida. Nüüd saate romaani ühe fraasiga lõpetada. ” "Tasuta!" Ta ootab sind! " - hüüab peremees ja üle musta kuristiku süttib tohutu linn koos aiaga, kuhu ulatub Kuu tee, ja prokurist jookseb seda teed mööda kiiresti.
"Hüvasti!" - karjub Woland; Margarita ja peremees lähevad üle oja üle silla ja Margarita ütleb: "Siin on teie igavene kodu, need, keda te armastate, tulevad õhtul teie juurde ja öösel ma kaitsen teie und."
Ja Moskvas pärast seda, kui Woland temast lahkus, jätkub kriminaalse jõugu juhtumi uurimine pikka aega, kuid tema tabamiseks võetud meetmed ei anna tulemusi. Kogenud psühhiaatrid järeldavad, et jõugu liikmed olid enneolematu tugevusega hüpnotiseerijad. Mitu aastat möödub, nende maapäevade sündmused hakkavad ununema ja endine luuletaja Kodutu professor Ivan Nikolajevitš Ponjrev ilmub igal aastal ainult kevadisel pidulikul täiskuul, patriarhi tiikide äärde ja istub samal pingil, kus ta esimest korda Wolandiga kohtus, ja siis naaseb ta mööda Arbatit tagasi koju ja näeb sama unistust, kus tema juurde tulevad nii Margarita kui ka peremees ja Yeshua Ga-Nozri ning Juuda julm viies prokurör, rattur Pontius Pilaatus.