Borisovi pulmapäeval troonil arvutavad bojarid tema valitsemisaja viljad: allasurutud maru, lõppenud sõjad ja saagid. Neid hämmastab, kui kaua pidi Godunov veenma teda võimule võtma ja seda sundis teda ainult ekskommunikatsiooni oht. Boriss naaseb katedraalist, kavatsedes vastu võtta suursaadikuid. Voeikov kuulutas võidu Siberi khaani üle. Inglise suursaadik pakub Tsarevitš Fedorile pruudi; paavstlik nuncio - kirikute ühendamise leping; Austria, Leedu, Rootsi, Firenze suursaadikud paluvad lugupidavalt kelleltki raha või vägesid, kelle omandit tunnustatakse. Pärsia ja Türgi suursaadikud süüdistavad üksteist Ibeeria kallaletungimises, Pürenee kuninga suursaadik palub kaitset. Tsaar annab kõigile asjakohase vastuse, täis väärikust ja jõudu, ning käsib kõigil lubada kuningakojadesse (“Vene rahva ja tsaari vahel pole barjääri!”). Üksi jäetud Boris triumfeerib ja printsi surma meenutades otsustab: siis paratamatult riigi suuruse hind. Varsti pärast seda, kui ta ootas kloostrikongis, et Irina juukseid lõikaks, kuulab Boris Semyon Godunovi teateid Romanovitele, kes pole rahul Püha George'i päeva tühistamisega; salakaval ja ebausaldusväärne teenija Vassili Shuisky vastu, kuid kindel oma tugevuses, ei taha ta kedagi karistada. Ilmub Irina ja Boris, tuletades meelde oma ametist vabastamist teel võimule, palub teda õigustada ja tunnistada, et Venemaa heaolu on väärt seda tõtt, mille kaudu ta kuningaks sai. Oma kuningriiki heaks kiites nõuab Irina, et ta ei unustaks oma süüd ega annaks endale andeks. Omadega jäänud, nad lahku.
Paletis kuulavad Borise, Fjodori ja Xenia lapsed Christiani, Taani hertsogi, Xenia kihlatu lugusid - karmist lapsepõlvest, platsile naasmisest, Flandrias lahingutest Hispaania vägedega, kuid kui Fedor kaebab oma jõudeoleku üle, märkab kristlane, et tema ametikoht, mis võimaldab tal õppida targa suverääni all valitsema, on palju väärt. Christian jutustab, kuidas ta armus Xeniasse suursaadikute, kaupmeeste ja vangide lugude järgi, kes ülistasid koos Venemaa suurusega printsessi ilu, arukust ja taset. Nad hakkavad rääkima Borisist ja kõik nõustuvad armastuses tsaari vastu, kes unustab end riigi auks ja heaoluks. Kõik kolm vannu üksteise abistamiseks. Christian palub sõja korral sisenenud Borisil lubada Venemaa vägesid juhtida, kuid tsaari heidutab aastaid kestnud rahu. Lapsed lahkuvad ja kohale tulnud Semyon Godunov teatab kuulujutust imeliselt päästetud vürsti Dimitri kohta. Tsarina Maria Grigorjevna küsib oma kambrites köster Vlasjevi käest kristluse kohta ja hoolimata sellest, kui Juliet Vlasjev see on, oli teada, et kuningas polnud tema isa ja tema praegu valitsev vanem vend ei meeldi talle. Kuna ametnik ei andnud lubadust tunnistada Borisit, helistab ta Dementjevnale ja saab suureneva ärritusega teada, et Ksenia istus oma venna ja peigmehega ning tsaar tervitab uusi kombeid. Volokhovi juurde tulnud tsaaririik kurdab, et Boriss haaras Ksenia sakslaste eest tema käest küsimata ja ilmselt keerasid sakslased printsessi sisse. Volokhov kohustub jumaldama seda, mis on kristlase tugevus, ja purustama selle (“Seal on selline juur”). Metsas, röövellaagris, aktsepteerib Ataman Khlopko talupoegade uut täiendamist, Borise kirumist ja Püha George'i päeva kaotamist. Ilmub Posadsky, kes nõuab ilma igasuguse hirmuta vabastada oma kaaslased, kes on röövlitõrje abil Moskva maanteel kinni püütud, ja teatab tõestest uudistest Tsarevitš Dimitri ilmumise kohta. Posadsky peksis Khlopi üles Brjanskisse minekuks. Pärast Tsarevitši vägede mõrvamist saavad nad andestuse ja võitlevad Godunoviga. Ilmub Mitka, lohistades kahte põgenenud munka, Mihhail Povadini ja Grishka Otrepjevit, kes paluvad ühineda puuvillaarmeega. Kui Posadsky, olles lõbustanud Mitkaga võideldes röövlid ja käskinud tünnide kaupa veini välja veeretada, kaob järsku, selgub, et temaga jalutanud mungad ei tea, kes ta on.
Boriss on sunnitud tunnistama, et uue vaenlase ilmumine tõukas ta verisele teele. Semjon Godunov, kelle ülesandeks on välja selgitada, kes Demetriuse nime taga peidus on, väidab, et ta ei teadnud piinamise hinnaga midagi. Nad otsivad tagaotsitava imemuna Grishka Otrepjevi nime, et vaenlast kuidagi ümber nimetada. Boriss käsib spioonidel paljuneda ja Romanovite kohta asitõendeid leida ning lisaks jätkuva nälja tõttu jaotada rahva jaoks riigikassa, käskides tal mitte kuulata muinasjutte printsi kohta. Tsarevitš Fedor palub saata ta vägede koosseisu, Tsarevna Ksenia leinab Borise muutust ja tema julmust; Kristlane küsib, kas Boris on kindel Tsarevitši surmas, ja räägib kuulujutud ümber. Lapsed lahkuvad, ilmub kuninganna, kes on täis kaustikat ja ärritust kristlase juures, tõlgendades koos lastega "väikest kuningat". Kuningas jääb kurtjaks oma nõudmisele saata kristlane minema. Semyon Godunov teatab reetjate kiirest edasiliikumisest, vägede üleviimisest neile ja Basmanovi kangekaelsest vastupanust. Vassili Shuisky kutsub Borisi minema ise vägede juurde või saatma poeglase kuninganna, et ta tunnistaks oma poja surma. Olles käskinud Shuiskyl keeli rebida neile, kes kuulujutte levitavad, saadab Boris Dimitry oma ema jaoks. Fedor Nikitich Romanovi majas joovad vürsti jaoks bojarid Romanovs, Sitsky, Repnin ja Cherkassky. Shuisky saabub, teatab Borise korraldusest, teda küsitletakse tema otsingute kohta Uglichis, ta vastab ähmaselt. Semjon Godunov koos vibulaskjatega, olles süüdistanud publikut suverääni mürgitamises, võtab kõik vahi alla, sisustades ülekuulamise Vassili Shuiskyga. Boriss, kes mõtles üksi täidetud ennustusele (“tapetud, kuid elus”), kes tuli Shuisky juurde, käskis esiplaanilt teatada, et ta ise on tsaari laiba Uglichis näinud. Vahepeal lükkavad nõustajad Christiani poole, selgitades, et ta peaks keelduma Xeniaga abiellumast, et Boris reetis end hirmust, et Ksenia on kaabala tütar ja sulane. Christian, tunnetades lähenevat peapööritust ja uskudes Borisi süüsse, ei tea, mille üle otsustada. Ksenia tuleb ja ta, sõnades ja mõtetes segaduses, räägib paratamatust lahkuminekust ja kutsub teda siis tapja isa juurest tema eest ära jooksma. Vaikselt sisenenud Fjodor seisab oma isa eest, nad hakkavad kaklema, Ksenia nutab, tuletab meelde üksteisele antud vannet. Christian möllab ja pidades teda haigeks, viivad Ksenia ja Fedor ta minema.
Punasel väljakul kuulavad detektiivid Tsarevich Dimitri rekviemist kõndinud inimeste vestlusi (samas kohas kuulutati välja ka Grishka anateema). Provotseerides, tõlgendades kõnet neile sobival viisil, haaravad detektiivid peaaegu kõik järjest. Hukkamiskohast pärit Vassili Shuisky peab ebaselget kõnet edasiviivast vaenlasest ja räägib läbiotsimisest Uglichis, nii et jääb selgusetuks, kes oli mõrvatud imik. Umbes sel ajal otsustas kloostrist toodud printsi ema, nüüd nunn Martha, kes Borist ootab ja kättemaksu soovib, tunnistada petturit pojana; ta ütleb, et ta ei näinud oma surnud poega, kui ta oli kaotanud tunded, ja mälestusjumalateenistusel katsid ta pisarad pisaraid. Nüüd, kuulnud ilmunud Tsarevitši märkidest, tunnistab ta, et oli imekombel päästetud ja elus. Tsaritsa Maria Grigorjevna, kes soovib süüdi mõista süüdi, tutvustab Volokhovit. Lein, mis Martat oma poja mõrvari nähes haaras, reedab teda, kuid ta keeldub Demetriuse surma avalikult tunnistamast. Peagi teatab arst Borisile Christiani tervise halvenemisest ja tema jõuetusest. Semyon Godunov toob Dimitry Ioannovitši kirja, milles Boriss on troonist vabatahtliku loobumise korral kõige rohkem masenduses tõotatud halastusest ja seetõttu varga usaldusest universaalse toetuse vastu. Boriss nõuab printsi surmas kindel olemiseks lühikese karvaga Kleshnini toomist. Tema nimi on kristlane ja ta teatab Xeniale ja Fedorile peagi oma surmast.
Kaks sentrit, kes kannavad troonikambris öövalvet, peidavad end unes Borise ilmumisel hirmu. Keegi kujutleb kellegi pilti troonil ja, saates saatjad, saadab ta nad kontrollima, kes seal istub. Semyon Godunov toob Kleshnini, kes kinnitab Demetriuse surma, tuletades meelde, et Borisovi valitsemisaeg, mida maagid ennustasid, on lõppemas, kutsub teda meelt parandama ja lahkuma kloostrisse. Hommikul, saades kohale saabunud Basmanovilt teabe osalise võidu kohta "varas", räägib Boris Fedorile vajadusest abielluda trooniga ja vandega, millele bojarid tuuakse. Fedor loobub troonist, sest ta pole kindel, et “varas” pole Demetrius. Boris pakub tähenduslikult Fedorile vaieldamatu tõendusmaterjali Tsarevitši surma kohta ning ta, mõistes oma isa kuritegu, keeldub kohutavalt tõenditest ja teatab, et võtab krooni vastu. Söögitoas, Basmanovi ja kuningat oodates, kiruvad bojarid mõlemad ja vahetavad uudiseid "printsi" kohta. Basmanov siseneb, kaebades tema sobimatu ekskommunikatsiooni üle. Boris ilmub koos lastega. Boriss premeerib Basmanovit. Boyars, märkides Xenia kurbust, kahetseb teda ja mõtleb, mida temaga teha, "kui ta kuningriiki tuleb". Boris nõuab Fedorile truudusvande andmist ja selle vande kinnitamist katedraalis, kaotab jõu ja kukub. Üldise segadusega kuulutab ta, et tema surma põhjuseks pole mürk, vaid kurbus, pärandajad bojaritele vande andmiseks, tuletades meelde, et „kurjusest sünnib ainult kuri” ja Fedori kuningaks kuulutades lahkub
