Üks Jaapani tööstur otsustas Ameerika moodi mõjul hakata ehitama üksikuid aatomivarjualuseid, kuid nad ei suutnud masstootmist rajada ja ainus ehitatud varjualune hüljati. Viis aastat hiljem püstitas ehitusettevõtte punkrina vundamendina ehitanud kolmekorruseline hoone, mille tagumine külg oli nõlva kõrval. Selles majas asus elama mees, kes lahkus ühiskonnast vabatahtlikult. Lähiminevikus oli ta kuulsa poliitiku isiklik sekretär, abiellus oma tütrega ja reklaamis aatomivarjupaiku ehitusettevõttes, mida tema isa-väimees kontrollis.
Kuid ühel toredal päeval võttis ta oma naiselt viieaastase poja, keda arstid pidas vaimselt alaarenenud, ja hakkas lapsega varjupaika elama. Ta ise määras end advokaadiks nendele, keda ta siin maailmas kõige rohkem armastas - puudele ja vaaladele. Ta muutis nime, et rõhutada oma uut olemust, ja hakkas end nimetama Ooki ("vägev puu") Isana ("vapper kala"). Ta tegeleb vaalapiltide fotode vaatamisega, õues kasvavate puude binokli kaudu. Loodusele lähemale saamiseks tegi ta punkri põrandas augu 30 × 30 sentimeetrit ja sukeldus mõttesse, pannes paljad jalad päris maa peale. Isana lindistas erinevate lindude hääli ja tema poeg Dzin õppis neid täpselt ära tundma: selgus, et poisil on ebaharilikult innukas kuulmine.
Kui intsident toimub soises madalikul, mis on varjualuse akendest nähtav. Noor tüdruk võrgutab politseiniku ja tema sõbrad ründavad teda ning võtavad relva ära. Enda päästmiseks valib agent ründajatest kõige nõrgema ja pärast sündinud kehastumist paneb käele käeraua, klõpsates samal ajal teist käerauda. Teismelised peksid agenti ja poiss üritab põgenemiseks käe ära lõigata. Politsei agent ajab käeraua lahti ja jookseb minema ning teismelised karjuvad talle pikka aega järele.
Nähes, et puud olid kaetud noore lehestikuga ja saavutasid täieliku turvatunde, tunneb Isana, kes on nendega vaimselt seotud, ka kaitstud ja lahkub varjualusest. Ta, nagu taimed, ärkab talveunest ja otsib väljapääsu temasse kogunenud energiale. Koos Jiniga astub ta bussi ja läheb parki, kuid nad jõuavad kohale liiga hilja: park on juba suletud ja sõidud ei tööta. Valvemees neist siiski igatseb ja inimtühjas pargis kohtuvad nad agressiivsete teismeliste grupiga, kellest ühel on käega seotud. Isana tunneb vastutamatut hirmu ja kiirustab varjupaika naasma. Poodi minnes ja Jini üksi koju jättes kogeb Isana ka hirmu. Tal on öösel painajaid. Tal on tunne, et nende varjupaika valvatakse kogu aeg. Kui ta avastas maja seinale joonise - ringi ja risti. Isana maalib selle silmamustri kõrval. Ta kohtub oma maja lähedal tüdrukuga, kes pakub talle magada kuulsa näitlejanna riietusruumis mahajäetud filmistuudios, seistes soostunud madalikust eemal. Isana ei vasta midagi ja lahkub ning kuuleb öösel teismeliste katusel trampimist ja muretseb Jini pärast, kelle habras vaimne tasakaal on nii kergesti häiritud.
Järgmisel päeval vaatab Isana läbi binokli filmistuudio varemete poole ja näeb paviljoni aknas alasti tüdrukut. Järsku märkab ta rühma teismelisi, kes süüdistavad teda nende luuramises. Nad küsivad, miks Isana ja Jin siin elavad, ilma kellegagi rääkimata. Isana selgitab neile, et ta on puude ja vaalade advokaat. Pärast ähvardamist vastumeetmetega sundisid teismelised Isanit laskma oma majas Poisi, teismelise, kelle haav hakkas kõdunema, ja Inago, see tüdruk, kes soovitas Isanil temaga magada. Isana läheb patsiendi jaoks apteeki ravimite järele, Inago hoolitseb Jini eest. Isani üllatuseks kohtleb tüdruk last hoolikalt ja tähelepanelikult.
Üks teismelistest, Takaki, räägib Isanast vaalapuust. Lapsena kuulis Takaki temast, unistas temast, kuid ei näinud teda kunagi. Nimi "Vaalupuu" annab Isanile sooja tunde, ka talle hakkab tunduma, et selline puu on olemas. Apteegist naastes kukub Isana jalgrattalt maha. Teismelised naeravad, mõtlemata üldse, et talle võib haiget teha. Isana imestab nende julmuse üle. Takaki saabub Isana eest varastatud autosse ja jätkab Vaalapuu lugu. Mõni päev hiljem näitab Takaki Isana teismeliste vahemälu: nad asusid elama mahajäetud filmistuudiosse. Nad demonteerisid kuunari, mida üks pidi valvama, lohistasid selle osade paviljonide kaupa ja kogunesid sinna ning asusid mereäri õppima, et hiljem purjetada. Teismelised on ühendatud Vabade Marinerite Liiduga ja elavad siinsamas, varustades keldris asuvaid kabinette.
Nähes, et Takaki tõi Isani, tahab Lahing, kes peaaegu toibus ja naasis kuunari juurde, soovi tulistada "seda hullumeelset meest": keegi teine ei peaks nende vahemälu kohta teadma. Isana ei karda surma: Inago hoolitseb poisi eest nii hästi, et saab ilma isata hakkama. Kuid Isana peab oma ülesande täitma - rääkima teistest maailmadest tulijatele, et maa peal ei valitsenud mitte inimene, vaid vaalad ja puud. Lahingus kardetakse, et Isana teatab neist politseile, kuid kõik teised teismelised on Isani suhtes kindlad ja pakuvad talle võimalust nendega ühineda.
Mees, hüüdnimega Korotky, kes on juba nelikümmend aastat vana, nii et ta on Isanist isegi vanem, ütleb, et kolmekümne viie aasta vanuselt hakkas ta ootamatult kahanema ja kahaneb endiselt. Tema jäsemed tunduvad tõepoolest liiga pikkade kehadega võrreldes liiga pikad. Ta saadeti psühhiaatriahaiglasse, kuid põgenes sealt. Tal pole kohta tavainimeste maailmas ja ta tunneb end noorukite ühiskonnas normaalselt. Kuulates Isani arutluskäiku puude ja vaalade kohta, jõuavad teismelised järeldusele, et tal on see, mis neil puudub: oskus panna oma mõtted sõnadesse. Nad usuvad, et tema suurepärane sõnaoskus võib neile kasulik olla.
Isana tunnistab teismelistele oma patte: kui ta oli oma äia sekretär, tõi ta poisid tema juurde, andes oma perverssusi. Kord tapsid nad juhuslikult ühe poisi ja sellest ajast peale pole Isana rahu tundnud. "Sõnaspetsialistina" hakkab Isan õppima teismelisi inglise keelt, valides selle jaoks ingliskeelse tõlke "Moby Dick" ja Dostojevski. Alguses kardab ta, et vanainimese Zosima vestlused tunduvad teismeliste jaoks liiga moraalsed, kuid nad kuulavad neid suure huviga ja sõna “palve” haarab neid sõna otseses mõttes. Isani üllatuseks armusid noorukid tõesti Jinisse ja naudivad tõsise muusika kuulamist. Isana elab maailmalõpu ootuses ja teismelisi ootab suur maavärin - neil on palju ühist.
Teismelisi meelitab vabade meremeeste liitu enesekaitsejõudude sõdur - armastatud Inago. Nad tahavad, et ta õpetaks neile relvade käsitsemist. Isana palub oma naisel Naobil leida rannikult koht, kus tema ja ta sõbrad saaksid elada kaks kuni kolm nädalat. Naobi leiab nende jaoks sellise koha Izus, kuid seal kohustub Korotky reetma - ta pildistab vabade meremeeste liidu sõjalisi õppusi ja müüb nädalalehele fotosid. Ta soovib sundida teismelisi teda tapma, uskudes, et kuritegu ühendab neid ja muudab vabade meremeeste liidu sõjaliseks organisatsiooniks. Teismelised korraldavad Korotky kohtuprotsessi, mille käigus üks neist - Tamakichi - vigastab Korotky tahtmatult. Mõistes, et lühike haav on saatuslik, otsustavad noorukid ta hukata. Igaüks neist viskab talle kivi. Isana ja sõdur seisavad teineteisest. Sõdur, haarates laaditud kuulipilduja ja viskates Inago, satub mootorrattale ja jookseb minema, teismelised jälitavad. Üks neist - Tamakichi - viskab granaadi kalapüügikuulele. Kuunar süttib ja kahtlus langeb sõdurile. Sõdur sooritab enesetapu. Inagost saab Isani armuke, Isan, Dzini, Inago naaseb Tokyosse varjupaika. Seal kohtub neid teismelistega: nad hävitavad filmistuudio, neil polnud kuhugi minna ja pärast akna purunemist ronisid nad Isani varjupaika.
Filmistuudio paviljonis peeti ainult ühte lahingut: ta ei nõustunud kunagi kuuleriga lahkuma. Nii et naine ei satuks valedesse kätesse, puhub ta selle üles. Filmistuudiot hävitavad töötajad peksid Poisi. Tamakichi viib sureva seltsimehe Tokyo ülikooli kliinikusse ja jätab ta arkaadile. Teismelised mõtlevad, mida edasi teha. Isana palub Naobil aidata saada raha laeva jaoks, et minna koos teismelistega purjetama. Naobi kandideeris end valimistel ja Isana loodab, et talle on kasulikum, kui tema abikaasa ja poeg ujuvad merre, kaitstes vaalasid, selle asemel, et istuda aatomivarjus. Naobi lubab pakkuda ehitusettevõttele Isanilt varjualuse ja maa ostmist - tulu piisab kavandatud ettevõtmiseks. Igaks juhuks teevad noorukid toiduvarusid - kui nad piiratakse, vajavad nad neid varjupaigas, kuid kui neilt oodatakse purjetamist, võtavad nad nad endaga kaasa. Et last mitte ohustada, pakuvad teismelised Isanil ja Jinil turvakodust lahkumist, kuid Isana soovib oma naisele teada anda, et nemad ja Jin on pantvangis - siis annab ta kindlasti laeva nende käsutusse. Politseiautod on varjualuse aknast nähtavad. Hoonet ümbritses motoriseeritud meeskond. Teismelised tulistavad, politsei tulistas pisargaasi. Nad kutsuvad piiritletud üles alla andma.
Teismelised ootavad Isani naise saabumist. Naobi saabub, kuid väidab, et isegi oma lapse elu nimel ei hakka ta kurjategijatega tehingut sõlmima. Teismelised võitlevad vapralt, kuid võim pole nende poolel ja nad surevad üksteise järel. Selgub, et nad ei vaja enam laeva: nad ei saanud ikkagi purjetada, kuna navigaator ja raadiooperaator tapeti. Tamakichi kavatseb võidelda lõpuni, kuid ta ei soovi, et vabade meremeeste liit kaoks jäljetult. Ta kutsub Takaki lahkuma ja teda elustama. Isana astus tagasi vabade meremeeste liidu andmetel spetsialistina, nüüd on ta täielikult pühendunud vaala- ja puuadvokaadi kohustustele. Takaki tunnistab, et tema lugu vaalapuust on väljamõeldis, kuid Isana väidab, et niipea, kui ta ei saa Takaki koju minna ja selles olla veendunud, ei takista miski teda uskumast, et vaalapuu on olemas. Turvakodust väljub valge lipuga Takaki, seejärel Inago koos Jiniga süles ja arst (endine meditsiiniinstituudi tudeng). Sel ajal kui nad auto juurde lähevad, peksid politseinikud neid.
Kui auto võtab ära need, kes loovutas, sõidab kraanaga tuletõrjeauto varjualuse juurde ja hakkab hoonet rikkuma. Varjupaika jäid vaid Isana ja Tamakiti. Isana läheb alla punkri juurde. Pannes oma jalad maapinnale, kuulab ta filmi vaalakarjudega. Vesi purskub purskkaevuna maapinnast: tuletõrjeauto õhku paiskus see vundamendi alla ja ummistus kohas, kus auk oli põrandas. Kaevu kate tõuseb, on kuulda kaadreid. Isana laseb tagasi. Vesi tõuseb kõrgemale ja kõrgemale. Puude ja vaalade hinge poole pöördudes saadab Isana neile viimase andestuse ja sureb.